Antipalúdico y antirreumático. Es esquizonticida sobre las formas eritrocíticas de Plasmodium, aunque con una alta prevalencia de cepas resistentes de P. falciparum, y gametocida sobre P. vivax y P. malariae. No es activo sobre las formas exoeritrocíticas y por tanto no consigue una curación total de P. vivax y P. ovale. También es eficaz como antirreumático en enfermedades autoinmunes, aunque generalmente se prefiere hidroxicloroquina por su mejor tolerancia. Cloroquina e hidroxicloroquina poseen actividad in vitro frente a varios virus, incluido el coronavirus COVID-19 (SARS-Cov2). Ambos se encuentran en fase de investigación en el tratamiento de la infección por COVID-19, aunque hidroxicloroquina parece más potente in vitro  y se tolera mejor (Cortegiani et al, revisión sistemática, J Critical Care 2020; tratamientos para el SARS-CoV-2, AEMPS 9/07/20).